Los científicos coinciden en general en cuatro clasificaciones diferentes de los arrecifes de coral: arrecifes costeros, arrecifes de barrera, atolones y arrecifes aislados.

Los arrecifes costeros crecen cerca de la costa, alrededor de islas y continentes. Están separados de la costa por lagunas estrechas y poco profundas. Los arrecifes costeros son el tipo de arrecife más común.

Los arrecifes de barrera también discurren paralelos a la costa, pero están separados por lagunas más profundas y anchas. En sus puntos menos profundos, pueden llegar hasta la superficie del agua, formando una «barrera» para la navegación.

Los atolones son anillos de coral que forman lagunas protegidas y suelen estar situados en medio del mar. Los atolones suelen formarse cuando las islas rodeadas de arrecifes periféricos se hunden en el mar o cuando el nivel del mar sube a su alrededor.

Los arrecifes aislados son pequeños arrecifes que se forman a partir del fondo abierto de la plataforma insular o de la plataforma continental. Suelen encontrarse entre los arrecifes costeros y los arrecifes de barrera. Su tamaño varía considerablemente y rara vez alcanzan la superficie del agua.